Apollonia fu fondata nel 588 a.C. dai coloni Greci di Kerkyra (odierna Corfù) e Corinto, fu probabilmente la più importante città, tra quelle conosciute con il nome di Apollonia. Il luogo era già usato dai commercianti di Corinto e dai Taulanti, una tribù dell'Illiria, che rimase coinvolta con questo insediamento per secoli a stretto contatto con la civiltà greca. Il nome originale della città sembra che fosse Gylaceia dal suo fondatore, un certo Glyax, ma il nome fu poi modificato in onore del dio Apollo.

La città era sovrastata da un tempio dedicato al dio protettore della città che aveva guidato con il suo corso i primi coloni nel viaggio da Oriente in Occidente; orientato non a caso in direzione del sorgere del sole, l’edificio aveva colonne doriche e un fregio ionico rappresentante la lotta tra i Greci e le Amazzoni.

I coloni di Apollonia erano fieri delle proprie origini elleniche. Lungo la strada che esce dalla città si trovano diversi tumuli monumentali in cui furono sepolte più generazioni di aristocratici. L’idea di costruire un tumulo è abbastanza insolita – almeno nel mondo corinzio –  e sembra essere stata influenzata dal costume locale. Recenti scavi archeologici hanno dimostrato che le tombe, edificate in età arcaica in forma modesta, furono ingigantite e ampliate a partire dal VI sec a.C. dai discendenti dei primi coloni che vi deposero corredi molto ricchi, comprendenti vasi decorati a figure rosse e preziosi sarcofagi. Un modo come un altro per sottolineare orgogliosamente le proprie radici e il prestigio del proprio lignaggio, in una città che doveva essersi nel frattempo ingrandita con l’apporto di una comunità illirica ben integrata nella società civile della polis.

In età romana Apollonia divenne ancora più fierente, al punto che Gaio Ottavio (il futuro Augusto) vi attese agli studi di retorica; con ogni probabilità egli passeggiò per il centro della città in compagnia di Agrippa, ammirando le statue esposte nelle ampie stoai ellenistiche dell’agorà. Proprio qui, il futuro Augusto ebbe modo di consultare un indovino che gli predisse un destino luminoso; una predizione quanto mai azzeccata!. In età imperiale, la cerchia di mura (lunga 4 km) presentava ampi segni di rifacimento, un segno tangibile della tumultuosa storia cittadina. Il muro più antico (VII sec a.C ) fu realizzato con blocchi quadrangolari di sagoma irregolare, venendo rimodernato, due secoli più tardi, con una nuova cortina in parte in pietra, in parte in mattoni.

Gran parte dei monumenti che segnano il paesaggio del parco archeologico di Apollonia appartengono, però, alla matura età imperiale (I/II sec d.C.): il bouleuterion fatto costruire dall’agonotheta Quinto Furio Proculo in onore del fratello defunto, il piccolo arco di trionfo, la biblioteca e soprattutto l’odeon, un piccolo teatro appoggiato alla collina che con i suoi trecento posti a sedere era utilizzato per rappresentazioni teatrali o musicali e, forse, per le assemblee pubbliche.